Автоинтоксикациите са патологични промени, настъпващи в организма, причинени от отрови или други токсични вещества, образувани в резултат на метаболитни нарушения. В този случай токсините не идват отвън, а се образуват и натрупват в тъканите на самия организъм. Това се дължи на патологични процеси в храносмилателните органи и червата, които не могат да се справят с храносмилането и усвояването на храната. Това се случва поради нарушение на метаболизма и функциите на стомаха и червата, което води до появата на автотоксини.
Те могат да бъдат ендогенни, образувани вътре в червата по различни причини, и екзогенни - постъпващи в тялото отвън заедно с храна, напитки, вдишван въздух и др. Например, тази патология възниква при следните дисфункции на стомашно-чревния тракт и интоксикация на тялото: