Automyrkytykset ovat aineenvaihduntahäiriöiden seurauksena muodostuvien myrkkyjen tai muiden myrkyllisten aineiden aiheuttamia patologisia muutoksia elimistössä. Tässä tapauksessa myrkyt eivät tule ulkopuolelta, vaan ne muodostuvat ja kerääntyvät itse kehon kudoksiin. Tämä johtuu patologisista prosesseista ruoansulatuselimissä ja suolistossa, jotka eivät pysty selviytymään ruoansulatuksen ja imeytymisen kanssa. Tämä johtuu aineenvaihdunnan ja mahalaukun ja suoliston toiminnan epäonnistumisesta, mikä johtaa autotoksiinien esiintymiseen.
Ne voivat olla endogeenisiä, muodostua suolen sisällä eri syistä ja eksogeenisiä - päästä kehoon ulkopuolelta ruoan, juomien, sisäänhengitetyn ilman jne. mukana. Tämä patologia esiintyy esimerkiksi seuraavien maha-suolikanavan toimintahäiriöiden ja kehon myrkytyksen aikana: