Autointoxikace jsou patologické změny v těle způsobené jedy nebo jinými toxickými látkami vzniklými v důsledku metabolických poruch. V tomto případě toxiny nepocházejí zvenčí, ale tvoří se a hromadí se v tkáních samotného těla. To je způsobeno patologickými procesy v trávicích orgánech a střevech, které se nemohou vyrovnat s trávením a vstřebáváním potravy. K tomu dochází v důsledku selhání metabolismu a funkcí žaludku a střev, což má za následek výskyt autotoxinů.
Mohou být endogenní, vytvořené uvnitř střeva z různých důvodů, a exogenní - vstupují do těla zvenčí spolu s jídlem, nápoji, vdechovaným vzduchem atd. Například k této patologii dochází při následujících dysfunkcích v gastrointestinálním traktu a intoxikaci těla: