Chronická paranefritida vzniká jako následek vzestupné infekce ledvin. Tomuto stavu předchází tubulointersticiální nefritida, latentní nebo klinicky výrazná. Do této skupiny patří akutní pankreatitida a exacerbace chronické pankreatitidy, jejichž příznaky jsou tak závažné, že pravděpodobnost rozvoje této komplikace je nepochybná. V takových případech můžeme mluvit o toxicko-alergické povaze paranefritidy: s revmatismem, chronickou brucelózou. Není však pochyb o tom, že paranefritida se týká infekčních onemocnění urogenitálního systému, což je umožněno „hematogenními“ a lymfatickými cestami šíření infekce. U většiny pacientů je tento proces primární. Mezi časté příčiny sekundární paranefritidy patří urolitiáza, dystrofické změny v detruzoru močového měchýře a ektopie močové trubice u žen, divertikly, adenomy a striktura močové trubice.
Chronická pankreatitida je běžné onemocnění, které způsobuje výskyt paranefitidy po 40-50 letech. Patogenetickým základem paranefritidy u pankreatitidy je akumulace tryptofanamidů v interpelvických prostorech moči