Ikke-kromosomalt gen er en videnskab, der studerer mekanismerne for organismeudvikling uden deltagelse af et kromosomalt sæt DNA. I modsætning til de fleste gener, som er indeholdt på kromosomer, overføres disse gener gennem kemiske signaler styret af processer uden for DNA'et, såsom mitose. Den genetiske kode indeholder ikke direkte instruktioner til at skabe nye proteinmolekyler; i stedet kan signaler for specifikke aminosyrer komme fra et ikke-kromosom.
Hvordan opstår ikke-kromosomale genkontrolprocesser? I de fleste organismer er de genetiske koder indeholdt i et genom, opdelt mellem dele kaldet allelkromatider. Disse kromatider er som duplikerede kopier af alt DNA, og hver enkelt indeholder en kopi af hvert kromosom og to alleliske gener. Processen med proteinproduktion begynder, når allelgener denatureres og tilbageholdes i kromatinmolekyler bestående af proteiner og nukleinsyrer. En sekvens af biokemiske reaktioner bestemmer så, hvilket RNA der er inkorporeret i DNA'et for at danne en streng af RNA og derefter et protein til at udføre en funktion i kroppen.
Der er dog andre RNA- og DNA-molekyler, såsom vira, elementer i det nukleare apparat og mitokondrier, som har et genom uden for kromosomstrukturen. Sporadisk fik nogle vira evnen til selvstændigt at replikere og producere nye generationer i en celle, uanset kromosomer