**Mikrobe** er det generelle navn for henholdsvis mikroskopiske (såsom bakterier og svampe) og nogle flercellede organismer (såsom amøber, flagellater, volvox, nogle protister). Udtrykket er forskelligt fra navnet på alle andre livsformer, der er større end 1-5 mikrometer – det er ikke en mikrobe. For bakteriologer har udtrykket mikroorganisme en bredere betydning; det inkluderer endda mange protozoer.
Mikroorganismer (bakterier eller svampe) er levende væsner, der er mikroskopiske i størrelse og ikke har plastider eller mitokondrier. Den største - Mycobacterium marinum og rækkefølgen af bakterier Rhizobiales - har normalt en størrelse på 3 til 7 mikron og mange granulat af store proteiner på overfladen. Ifølge deres struktur tilhører de prokaryoter - superriget Cellulære organismer. De fleste findes i flydende medier såsom jord eller vand. Inden for biologisk taksonomi indgår bakterier i domænet Bakterier (nogle gange kaldet Bakterier), riget Bac.