**Mikrobe** ist die allgemeine Bezeichnung für mikroskopisch kleine (wie Bakterien und Pilze) bzw. einige mehrzellige Organismen (wie Amöben, Flagellaten, Volvox, einige Protisten). Der Begriff unterscheidet sich von der Bezeichnung aller anderen Lebensformen, die größer als 1-5 Mikrometer sind – es handelt sich nicht um eine Mikrobe. Für Bakteriologen hat der Begriff Mikroorganismus eine umfassendere Bedeutung; er umfasst sogar viele Protozoen.
Mikroorganismen (Bakterien oder Pilze) sind Lebewesen von mikroskopischer Größe, die weder Plastiden noch Mitochondrien besitzen. Die größten – Mycobacterium marinum und die Bakterienordnung Rhizobiales – haben normalerweise eine Größe von 3 bis 7 Mikrometern und viele Körnchen aus großen Proteinen auf der Oberfläche. Ihrer Struktur nach gehören sie zu den Prokaryoten – dem Superreich der Zellorganismen. Die meisten kommen in flüssigen Medien wie Boden oder Wasser vor. Innerhalb der biologischen Taxonomie sind Bakterien in der Domäne Bakterien (manchmal auch Bakterien genannt), dem Königreich Bac, enthalten.