**微生物**は、それぞれ顕微鏡(細菌や真菌など)と一部の多細胞生物(アメーバ、鞭毛虫、ボルボックス、一部の原生生物など)の一般名です。この用語は、1 ~ 5 マイクロメートルを超える他のすべての生命体の名前とは異なり、微生物ではありません。細菌学者にとって、微生物という用語はより広い意味を持ち、多くの原生動物も含まれます。
微生物(細菌または真菌)は、顕微鏡サイズであり、色素体やミトコンドリアを持たない生き物です。最大のマイコバクテリウム・マリヌムと根粒菌目は通常、サイズが3〜7ミクロンで、表面に大きなタンパク質の顆粒が多数あります。それらの構造によれば、それらは原核生物、すなわち超王国細胞生物に属します。ほとんどは土壌や水などの液体媒体中に存在します。生物学的分類法では、細菌はバクテリア(細菌とも呼ばれる)ドメイン、Bac界に含まれます。