**Vi khuẩn** lần lượt là tên gọi chung của các vi sinh vật (chẳng hạn như vi khuẩn và nấm) và một số sinh vật đa bào (chẳng hạn như amip, roi, volvox, một số sinh vật nguyên sinh). Thuật ngữ này khác với tên của tất cả các dạng sống khác có kích thước lớn hơn 1-5 micromet - nó không phải là vi khuẩn. Đối với các nhà vi khuẩn học, thuật ngữ vi sinh vật có ý nghĩa rộng hơn, thậm chí nó còn bao gồm nhiều động vật nguyên sinh.
Vi sinh vật (vi khuẩn hoặc nấm) là những sinh vật sống có kích thước cực nhỏ và không có lạp thể hoặc ty thể. Lớn nhất - Mycobacteria marinum và bộ vi khuẩn Rhizobiales - thường có kích thước từ 3 đến 7 micron và nhiều hạt protein lớn trên bề mặt. Theo cấu trúc của chúng, chúng thuộc về sinh vật nhân sơ - siêu sinh vật tế bào. Hầu hết được tìm thấy trong môi trường lỏng như đất hoặc nước. Trong phân loại sinh học, vi khuẩn được đưa vào miền Vi khuẩn (đôi khi được gọi là Vi khuẩn), giới Bac.