Υψηλή κυστεοτομή συνήθως ονομάζεται επέμβαση κατά την οποία, με χειρουργική ανατομή ιστού, εκτίθεται το τοίχωμα της κύστης, αλλά τα ίδια τα τοιχώματά της δεν ανατέμνονται, δηλαδή δεν γίνεται καθετηριασμός της κύστης. Με τη βοήθεια ενός κυστοτόμου γίνεται όχι πλήρης, αλλά ημισεληνιακή τομή (αφού όλα τα στρώματα του τοιχώματος του συγκλίνουν κατά μήκος της περιμέτρου της κύστης). Η κύστη είναι ανοιχτή εγκάρσια και ελεύθερη για επιθεώρηση.
Τις περισσότερες φορές, τέτοιες χειρουργικές επεμβάσεις πραγματοποιούνται με τη χρήση της ενδοκοιλιακής οπτικής ή ουρηθροκυστικής μεθόδου.
Μετά την ολοκλήρωση της επέμβασης, ο ασθενής παραμένει στο νοσοκομείο για 5-7 ημέρες, όπου περνάει περίοδος ανάρρωσης. Στην περίπτωση εκτομής όχι μόνο των εξωτερικών στιβάδων του τοιχώματος του οργάνου, αλλά και των βαθύτερων ιστών, υπάρχει υψηλός κίνδυνος απώλειας αίματος, λοιμώξεων και επιπλοκών του τραύματος (σχηματισμός τραυμάτων μολύβδου, νεφροσκλήρωση κ.λπ.) και εμφάνιση συμφύσεις.