Los orificios para respirar en la superficie del cuerpo de un animal están diseñados para permitir que el organismo vivo reciba y libere gases del ambiente externo. En el cuerpo de los animales protozoarios existen órganos respiratorios tanto primarios como secundarios. Los primeros se desarrollaron en antiguos organismos unicelulares, los segundos son desarrollados y complementarios a los simples. Los principales órganos respiratorios de los protozoos son las células olfativas.
Los órganos respiratorios secundarios de los más simples son primitivos y tienen la forma más simple. Corresponden a los órganos primarios de los organismos multicelulares. En sus primeras etapas se forman estructuras con una arquitectura interna compleja. Depende de la clase de animales. Por ejemplo, el epitelio de estos órganos de las aves se puede cortar o bordear. Pero ambos deben tener características comunes inherentes a los órganos respiratorios secundarios: la presencia de estigmas y su posición.
Los estigmas son característicos de los ciliados, por eso a veces se les llama aberturas estigmáticas. Los órganos respiratorios secundarios son mucho más complejos que las estructuras epiteliales. Estos incluyen embudos, lagunas y tráquea. Los embudos son característicos de los organismos que se mueven activamente a través del agua. La tráquea y el tubo son característicos de los animales que viven en el agua. Estos últimos lo hacen mejor, utilizando branquias para inhalar agua. El tubo es un medio de respiración para los animales acuáticos. Los estigmozoos a veces rodean el canal central, como resultado de lo cual la cavidad resultante se llena de agua y se somete a una fuerte compresión. El aire ingresa a este órgano a través de una válvula especial para el intercambio de gases. Así, todas las especies de infusores modernos pertenecen a la clase de los protozoos y tienen un conjunto complejo de órganos diferenciados.