Åndehuller på overfladen af et dyrs krop er designet til at tillade den levende organisme at modtage og frigive gasser fra det ydre miljø. I kroppen af protozoer er der både primære og sekundære åndedrætsorganer. De første blev udviklet i gamle encellede organismer, de andre er udviklede og komplementære til simple. De primære protozoiske åndedrætsorganer er olfaktoriske celler.
De sekundære åndedrætsorganer af protozoer er primitive og har den enkleste form. De svarer til de primære organer for flercellede organismer. I deres tidlige stadier dannes strukturer med kompleks intern arkitektur. Det afhænger af dyreklassen. For eksempel kan epitelet i disse fugleorganer enten være indskåret eller afgrænset. Men de skal begge have fælles træk, der er iboende i de sekundære åndedrætsorganer: tilstedeværelsen af stigmas og deres position.
Stigmaer er karakteristiske for ciliater, så de kaldes nogle gange deres stigmatiske åbninger. Sekundære åndedrætsorganer er meget mere komplekse end epitelstrukturer. Disse omfatter tragte, lakuner og luftrør. Tragter er karakteristiske for organismer, der aktivt bevæger sig gennem vand. Luftrøret og røret er karakteristiske for dyr, der lever i vand. Sidstnævnte gør dette bedre ved at bruge gælleplader til at inhalere vand. Røret er et middel til vejrtrækning for vanddyr. Stigmozoer omgiver nogle gange den centrale kanal, som et resultat af hvilket det resulterende hulrum fyldes med vand og udsættes for stærk kompression. Luft kommer ind i dette organ gennem en speciel ventil til gasudveksling. Således tilhører alle moderne infusorarter klassen af protozoer og har et komplekst sæt af differentierede organer