Eläimen kehon pinnalla olevat hengitysaukot on suunniteltu siten, että elävä organismi voi vastaanottaa ja vapauttaa kaasuja ulkoisesta ympäristöstä. Alkueläinten kehossa on sekä primaarisia että sekundaarisia hengityselimiä. Ensimmäiset kehitettiin muinaisissa yksisoluisissa organismeissa, toiset ovat kehitettyjä ja täydentävät yksinkertaisia. Alkueläinten ensisijaiset hengityselimet ovat hajusolut.
Alkueläinten toissijaiset hengityselimet ovat primitiivisiä ja niillä on yksinkertaisin muoto. Ne vastaavat monisoluisten organismien ensisijaisia elimiä. Niiden alkuvaiheessa muodostuu rakenteita, joilla on monimutkainen sisäinen arkkitehtuuri. Riippuu eläinluokista. Esimerkiksi näiden lintujen elinten epiteeli voi olla joko viilto tai reunustettu. Mutta niillä molemmilla on oltava yhteisiä piirteitä, jotka ovat luontaisia toissijaisille hengityselimille: stigmien esiintyminen ja niiden sijainti.
Stigmat ovat tyypillisiä värjäyksille, joten niitä kutsutaan joskus niiden leimautumisen aukoksi. Toissijaiset hengityselimet ovat paljon monimutkaisempia kuin epiteelirakenteet. Näitä ovat suppilot, aukot ja henkitorvi. Suppilot ovat ominaisia organismeille, jotka liikkuvat aktiivisesti veden läpi. Henkitorvi ja putki ovat ominaisia vedessä eläville eläimille. Jälkimmäiset tekevät tämän paremmin käyttämällä kiduslevyjä veden hengittämiseen. Putki on vesieläinten hengityslaite. Stigmozoaanit ympäröivät joskus keskuskanavaa, minkä seurauksena syntynyt ontelo täyttyy vedellä ja joutuu voimakkaalle puristukselle. Ilma tulee tähän elimeen erityisen kaasunvaihtoventtiilin kautta. Siten kaikki nykyaikaiset infusorilajit kuuluvat alkueläinten luokkaan ja niillä on monimutkainen joukko erilaistettuja elimiä