Os orifícios respiratórios na superfície do corpo de um animal são projetados para permitir que o organismo vivo receba e libere gases do ambiente externo. No corpo dos animais protozoários existem órgãos respiratórios primários e secundários. Os primeiros foram desenvolvidos em antigos organismos unicelulares, os segundos são desenvolvidos e complementares aos simples. Os principais órgãos respiratórios dos protozoários são as células olfativas.
Os órgãos respiratórios secundários dos protozoários são primitivos e possuem a forma mais simples. Eles correspondem aos órgãos primários dos organismos multicelulares. Em seus estágios iniciais, são formadas estruturas com arquitetura interna complexa. Depende da classe dos animais. Por exemplo, o epitélio destes órgãos de aves pode ser incisado ou delimitado. Mas ambos devem ter características comuns inerentes aos órgãos respiratórios secundários: a presença de estigmas e sua posição.
Os estigmas são característicos dos ciliados, por isso às vezes são chamados de aberturas estigmáticas. Os órgãos respiratórios secundários são muito mais complexos que as estruturas epiteliais. Isso inclui funis, lacunas e traquéia. Os funis são característicos de organismos que se movem ativamente na água. A traqueia e o tubo são característicos de animais que vivem na água. Estes últimos fazem isso melhor, usando placas branquiais para inalar água. O tubo é um meio de respiração para animais aquáticos. Às vezes, os estigmozoários circundam o canal central, e como resultado a cavidade resultante se enche de água e é submetida a forte compressão. O ar entra neste órgão através de uma válvula especial para troca gasosa. Assim, todas as espécies modernas de infusores pertencem à classe dos protozoários e possuem um conjunto complexo de órgãos diferenciados