I fori respiratori sulla superficie del corpo di un animale sono progettati per consentire all'organismo vivente di ricevere e rilasciare gas dall'ambiente esterno. Nel corpo degli animali protozoari ci sono organi respiratori sia primari che secondari. I primi si sono sviluppati in antichi organismi unicellulari, i secondi sono evoluti e complementari a quelli semplici. Gli organi respiratori primari dei protozoi sono le cellule olfattive.
Gli organi respiratori secondari dei protozoi sono primitivi e hanno la forma più semplice. Corrispondono agli organi primari degli organismi multicellulari. Nelle fasi iniziali si formano strutture con un'architettura interna complessa. Dipende dalla classe degli animali. Ad esempio, l'epitelio di questi organi degli uccelli può essere inciso o delimitato. Ma entrambi devono avere caratteristiche comuni inerenti agli organi respiratori secondari: la presenza degli stimmi e la loro posizione.
Gli stimmi sono caratteristici dei ciliati, quindi a volte vengono chiamati le loro aperture stigmatiche. Gli organi respiratori secondari sono molto più complessi delle strutture epiteliali. Questi includono imbuti, lacune e trachea. Gli imbuti sono caratteristici degli organismi che si muovono attivamente nell'acqua. La trachea e il tubo sono caratteristici degli animali che vivono nell'acqua. Questi ultimi lo fanno meglio, usando le piastre branchiali per inalare l'acqua. Il tubo è un mezzo di respirazione per gli animali acquatici. Gli stigmozoi talvolta circondano il canale centrale, a seguito del quale la cavità risultante si riempie d'acqua ed è soggetta a forte compressione. L'aria entra in questo organo attraverso una valvola speciale per lo scambio di gas. Pertanto, tutte le specie di infusori moderni appartengono alla classe dei protozoi e dispongono di un insieme complesso di organi differenziati