Les trous de respiration à la surface du corps d'un animal sont conçus pour permettre à l'organisme vivant de recevoir et de libérer les gaz de l'environnement extérieur. Dans le corps des animaux protozoaires, il existe des organes respiratoires primaires et secondaires. Les premiers ont été développés dans des organismes unicellulaires anciens, les seconds sont développés et complémentaires des organismes simples. Les principaux organes respiratoires des protozoaires sont les cellules olfactives.
Les organes respiratoires secondaires des protozoaires sont primitifs et ont la forme la plus simple. Ils correspondent aux organes primaires des organismes multicellulaires. À leurs débuts, des structures à l’architecture interne complexe se forment. Cela dépend de la classe d'animaux. Par exemple, l'épithélium de ces organes d'oiseaux peut être soit incisé, soit bordé. Mais ils doivent tous deux avoir des traits communs inhérents aux organes respiratoires secondaires : la présence de stigmates et leur position.
Les stigmates sont caractéristiques des ciliés, c'est pourquoi on les appelle parfois leurs ouvertures stigmatiques. Les organes respiratoires secondaires sont beaucoup plus complexes que les structures épithéliales. Ceux-ci incluent les entonnoirs, les lacunes et la trachée. Les entonnoirs sont caractéristiques des organismes qui se déplacent activement dans l'eau. La trachée et le tube sont caractéristiques des animaux vivant dans l'eau. Ces derniers le font mieux, en utilisant des plaques branchiales pour inhaler l'eau. Le tube est un moyen de respiration pour les animaux aquatiques. Des stigmazoaires entourent parfois le canal central, ce qui fait que la cavité qui en résulte se remplit d'eau et est soumise à une forte compression. L'air pénètre dans cet organe par une vanne spéciale pour l'échange gazeux. Ainsi, toutes les espèces d’infuseurs modernes appartiennent à la classe des protozoaires et possèdent un ensemble complexe d’organes différenciés.