Các lỗ thở trên bề mặt cơ thể động vật được thiết kế để cho phép sinh vật sống tiếp nhận và giải phóng khí từ môi trường bên ngoài. Trong cơ thể động vật nguyên sinh có cơ quan hô hấp sơ cấp và thứ cấp. Những cái đầu tiên được phát triển ở các sinh vật đơn bào cổ đại, những cái thứ hai được phát triển và bổ sung cho những sinh vật đơn giản. Cơ quan hô hấp nguyên sinh chính là tế bào khứu giác.
Cơ quan hô hấp thứ cấp của động vật nguyên sinh là nguyên thủy và có dạng đơn giản nhất. Chúng tương ứng với các cơ quan chính của sinh vật đa bào. Ở giai đoạn đầu, các cấu trúc có kiến trúc bên trong phức tạp được hình thành. Nó phụ thuộc vào lớp động vật. Ví dụ, biểu mô trong các cơ quan này của chim có thể được rạch hoặc có đường viền. Nhưng cả hai đều phải có những đặc điểm chung vốn có ở cơ quan hô hấp thứ cấp: sự hiện diện của nhụy và vị trí của chúng.
Đầu nhụy là đặc điểm của lông mao nên đôi khi chúng còn được gọi là lỗ đầu nhụy. Cơ quan hô hấp thứ cấp phức tạp hơn nhiều so với cấu trúc biểu mô. Chúng bao gồm phễu, lỗ khuyết và khí quản. Phễu là đặc trưng của các sinh vật tích cực di chuyển trong nước. Khí quản và ống là đặc điểm của động vật sống dưới nước. Con sau làm điều này tốt hơn bằng cách sử dụng tấm mang để hít nước. Ống là phương tiện thở cho động vật thủy sinh. Các Stigmozoan đôi khi bao quanh ống trung tâm, do đó khoang tạo thành chứa đầy nước và chịu lực nén mạnh. Không khí đi vào cơ quan này thông qua một van đặc biệt để trao đổi khí. Vì vậy, tất cả các loài dịch truyền hiện đại đều thuộc lớp động vật nguyên sinh và có một bộ cơ quan biệt hóa phức tạp.