Дихателните отвори на повърхността на тялото на животното са предназначени да позволят на живия организъм да приема и освобождава газове от външната среда. В тялото на протозойните животни има първични и вторични дихателни органи. Първите са развити в древни едноклетъчни организми, вторите са развити и допълват простите. Основните дихателни органи на протозоите са обонятелните клетки.
Вторичните дихателни органи на протозоите са примитивни и имат най-проста форма. Те съответстват на първичните органи за многоклетъчните организми. В ранните им стадии се формират структури със сложна вътрешна архитектура. Зависи от класа на животните. Например, епителът в тези органи на птиците може да бъде или нарязан, или ограден. Но и двамата трябва да имат общи черти, присъщи на вторичните дихателни органи: наличието на стигми и тяхното положение.
Стигмите са характерни за ресничките, така че понякога се наричат техните стигматични отвори. Вторичните дихателни органи са много по-сложни от епителните структури. Те включват фунии, празнини и трахеи. Фуниите са характерни за организми, които активно се движат през водата. Трахеята и тръбата са характерни за животните, живеещи във вода. Последните правят това по-добре, като използват хрилни пластини за вдишване на вода. Тръбата е средство за дишане на водни животни. Стигмозоите понякога обграждат централния канал, в резултат на което получената кухина се запълва с вода и е подложена на силно компресиране. Въздухът влиза в този орган през специален клапан за обмен на газ. По този начин всички съвременни видове инфузор принадлежат към класа на протозоите и имат сложен набор от диференцирани органи