Il trattamento speciale è un insieme di misure chimiche e fisico-chimiche progettate per rimuovere i microbi dai materiali tecnologici e dagli impianti di produzione, nonché dalle attrezzature e dagli strumenti che sono stati in contatto con i materiali in lavorazione. Quindi, prima di tutto, è necessario considerare la struttura qualitativa e quantitativa della microflora delle soluzioni tecnologiche contenenti sostanze biologicamente attive, che dipende dagli scopi del loro utilizzo. Il processo di lavorazione speciale prevede le seguenti fasi:
1. Il pretrattamento consiste nel lavare accuratamente le apparecchiature (serbatoi di processo, tubazioni, ecc.) con soluzioni di detergenti schiumogeni, acqua calda e agenti alcalini. 2. La fase preparatoria consiste nel seguente: prima della decontaminazione, all'interno dei locali produttivi vengono dosati e installati appositi contenitori che conterranno i prodotti da trattare con una apposita composizione. 3. La fase del trattamento speciale diretto prevede l'uso ripetuto di soluzioni disinfettanti, che rappresentano circa l'85% del volume rimanente dopo aver preparato la stanza. Il resto sono scarti di produzione neutralizzati. 4. Il controllo è obbligatorio in ogni fase del processo di lavorazione e consiste nel controllo selettivo dell'attività dei reagenti chimici. L'efficacia e la qualità dell'effetto disinfettante della miscela sono determinate dall'indicatore microbiologico, cioè identificando la presenza o l'assenza di microrganismi al suo interno. Se viene rilevata una contaminazione batterica dell'acqua, il trattamento viene continuato, aggiustandone le proporzioni (la dose viene aumentata di una quantità pari al volume di nuove porzioni di rifiuti). Questo processo viene ripetuto finché il campione finale non soddisfa i requisiti di SanPiN 2.1.4.559-96 “Acqua potabile. Requisiti igienici per la qualità dell'acqua dei sistemi centralizzati di approvvigionamento di acqua potabile. Controllo di qualità". 5. La fase finale (disinfezione degli oggetti) comprende la ventilazione dei locali, la sostituzione dei disinfettanti, il lavaggio e l'asciugatura delle apparecchiature tecnologiche, l'inventario e l'arredamento dei locali.