Analiza Southern Blot

Analiza Southern blot to metoda identyfikacji określonych form DNA w komórkach. Został opracowany przez brytyjskiego biologa Edwina Southerna w 1975 roku.

W tej metodzie cząsteczki DNA są najpierw ekstrahowane z komórek, a następnie cięte na małe fragmenty za pomocą endonukleaz restrykcyjnych. Te fragmenty DNA rozdziela się za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym.

Następnie fragmenty DNA przenosi się na membranę za pomocą metody blottingu kapilarnego. Następnie stosuje się znakowaną radioaktywnie lub znakowaną barwnikiem fluorescencyjną sondę DNA, która jest komplementarna do testowanej sekwencji DNA. Sonda ta hybrydyzuje z komplementarnymi fragmentami DNA na błonie.

Po hybrydyzacji położenie sondy na membranie określa się metodą autoradiografii lub fluorescencji, co pozwala zidentyfikować pożądaną sekwencję DNA wśród rozdzielonych fragmentów.

Zatem metoda Southern blot umożliwia wykrycie obecności określonych sekwencji DNA w genomie badanych komórek lub tkanek.

Dla porównania, istnieją podobne metody identyfikacji RNA (analiza północna) i białek (analiza Western).

Analiza Southern Blot to metoda stosowana do wykrywania określonych form DNA w komórkach. Metoda ta została opracowana przez Edwarda Southerna w 1975 roku i od tego czasu stała się jedną z najczęściej stosowanych metod w biologii molekularnej.

Zasada metody polega na tym, że cząsteczki DNA są ekstrahowane z komórek i cięte na wiele małych fragmentów za pomocą enzymów restrykcyjnych. Fragmenty te następnie rozdziela się według wielkości za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym. Powstałe fragmenty DNA przenoszone są na nitrocelulozę lub inną membranę, którą następnie poddaje się działaniu specjalnej sondy genowej. Sonda genowa to krótka sekwencja nukleotydów, która specyficznie wiąże się z określonym regionem DNA. Po hybrydyzacji membrany z sondą genową, usuwa się pozostałą niezhybrydyzowaną sondę, pozostawiając na membranie jedynie zhybrydyzowane fragmenty DNA.

Autoriografia lub mikroskopia fluorescencyjna służy do określenia obecności określonej formy DNA na membranie. W przypadku autoradiografii membranę pokrywa się warstwą fotoemulsji, którą następnie naświetla się kliszą. W przypadku mikroskopii fluorescencyjnej na membranę nanoszone są specjalne znaczniki fluorescencyjne, które wiążą się z zhybrydyzowanymi fragmentami DNA.

Metoda ta ma wiele zalet w porównaniu z innymi metodami, takimi jak Northern blot i Western blot. Na przykład za pomocą metody Southern blot można określić obecność określonych form DNA w genomie organizmu, a także ich położenie i ilość. Ponadto metodę tę można zastosować do określenia wielkości genomu, struktury genu i wielu innych cech DNA.

Podsumowując, Southern blot jest potężną techniką badania DNA i może być stosowana w wielu obszarach biologii molekularnej, w tym w genetyce, immunologii, onkologii i innych.

Analiza Southern blot to metoda identyfikacji określonych form DNA w komórkach, stosowana w biologii molekularnej do analizy zmienności genetycznej. Polega na rozdzieleniu cząsteczek DNA na fragmenty za pomocą enzymów restrykcyjnych i późniejszej detekcji identycznych odcinków za pomocą sondy.

Aby przeprowadzić analizę Southerna, komórki poddaje się najpierw lizie, a DNA oddziela się od składników komórkowych. Następnie DNA rozdziela się na fragmenty za pomocą enzymów restrykcyjnych. Fragmenty DNA przenoszone są na membranę nitrocelulozową, która służy jako nośnik dla sondy. Sonda może być radioaktywna, fluorescencyjna lub znakowana biotyną i wiąże się z DNA zawierającym określone sekwencje.

Następnie membranę przenosi się na żel zawierający nałożone wcześniej fragmenty DNA. Fragmenty DNA rozdziela się na żelu na podstawie ich wielkości, a prążki odpowiadające fragmentom DNA związanym z sondą wykrywa się poprzez barwienie.

Do wykrywania zmian genetycznych, takich jak mutacje, polimorfizmy i amplifikacje, stosuje się metodę Southern blot. Można go również wykorzystać do określenia ekspresji genów w różnych tkankach i w odpowiedzi na różne bodźce.

W przeciwieństwie do innych metod blottingu (np. blottingu północnego i zachodniego), blotting typu Southern charakteryzuje się wysoką specyficznością i czułością i może być stosowany do analizy małych ilości DNA. To sprawia, że ​​jest to przydatne narzędzie do badania genetyki człowieka, genetyki medycznej i innych dziedzin nauki, które obejmują badanie DNA.