Southern Blot -analyysi

Southern blot -analyysi on menetelmä DNA:n tiettyjen muotojen tunnistamiseksi soluista. Sen kehitti brittibiologi Edwin Southern vuonna 1975.

Tässä menetelmässä DNA-molekyylit uutetaan ensin soluista ja leikataan sitten pieniksi fragmenteiksi restriktioendonukleaaseja käyttäen. Nämä DNA-fragmentit erotetaan käyttämällä agaroosigeelielektroforeesia.

Seuraavaksi DNA-fragmentit siirretään kalvolle kapillaariblottauksella. Sitten käytetään radioleimattua tai fluoresoivalla väriaineella leimattua DNA-koetinta, joka on komplementaarinen testattavalle DNA-sekvenssille. Tämä koetin hybridisoituu kalvolla olevien komplementaaristen DNA-fragmenttien kanssa.

Hybridisaation jälkeen koettimen sijainti kalvolla määritetään autoradiografialla tai fluoresenssilla, mikä mahdollistaa halutun DNA-sekvenssin tunnistamisen erotettujen fragmenttien joukosta.

Siten Southern blotting mahdollistaa spesifisten DNA-sekvenssien läsnäolon havaitsemisen tutkittavien solujen tai kudosten genomissa.

Vertailun vuoksi on olemassa samanlaisia ​​menetelmiä RNA:n (Northern blotting) ja proteiinien (Western blot) tunnistamiseen.

Southern blot -analyysi on menetelmä, jota käytetään DNA:n tiettyjen muotojen havaitsemiseen soluissa. Tämän menetelmän kehitti Edward Southern vuonna 1975, ja siitä on sittemmin tullut yksi yleisimmin käytetyistä menetelmistä molekyylibiologiassa.

Menetelmän periaate on, että DNA-molekyylejä uutetaan soluista ja leikataan useiksi pieniksi fragmenteiksi restriktioentsyymeillä. Nämä fragmentit erotetaan sitten koon mukaan käyttämällä agaroosigeelielektroforeesia. Syntyneet DNA-fragmentit siirretään nitroselluloosalle tai muulle kalvolle, joka sitten käsitellään erityisellä geenikoettimella. Geenikoetin on lyhyt nukleotidisekvenssi, joka sitoutuu spesifisesti tiettyyn DNA-alueeseen. Kun kalvo on hybridisoitunut geenikoettimen kanssa, kaikki jäljelle jäänyt hybridisoimaton koetin poistetaan, jolloin kalvolle jää vain hybridisoituneet DNA-fragmentit.

Autoradiografiaa tai fluoresenssimikroskopiaa käytetään määrittämään tietyn DNA-muodon läsnäolo kalvolla. Autoradiografian tapauksessa kalvo päällystetään fotoemulsiokerroksella, joka sitten valotetaan filmille. Fluoresenssimikroskopiassa kalvolle kiinnitetään erityisiä fluoresoivia leimoja, jotka sitoutuvat hybridisoituneisiin DNA-fragmentteihin.

Tällä menetelmällä on useita etuja verrattuna muihin menetelmiin, kuten Northern-blottaukseen ja Western-blottaukseen. Esimerkiksi Southern blottingin avulla voit määrittää tiettyjen DNA-muotojen esiintymisen organismin genomissa sekä niiden sijainnin ja määrän. Lisäksi tätä menetelmää voidaan käyttää määrittämään genomin kokoa, geenirakennetta ja monia muita DNA:n ominaisuuksia.

Yhteenvetona voidaan todeta, että Southern blotting on tehokas tekniikka DNA:n tutkimiseen, ja sitä voidaan käyttää monilla molekyylibiologian aloilla, mukaan lukien genetiikka, immunologia, onkologia ja muut.

Southern blot -analyysi on menetelmä DNA:n tiettyjen muotojen tunnistamiseksi soluista, ja sitä käytetään molekyylibiologiassa geneettisten muunnelmien analysointiin. Se perustuu DNA-molekyylien erottamiseen fragmenteiksi restriktioentsyymeillä ja sitä seuraavaan identtisten osien havaitsemiseen koetinta käyttämällä.

Для проведения Саузерн блоттинга, клетки сначала лизируются и ДНК отделяется от клеточных компонентов. Затем ДНК разделяется на фрагменты с использованием рестриктивных ферментов. Фрагменты ДНК перемещаются на нитроцеллюлозную мембрану, которая является носителем для зонда. Зонд может быть радиоактивным, флуоресцентным или биотин-меченым, и он связывается с ДНК, содержащей определенные последовательности.

После этого мембрана переносится на гель, содержащий ДНК-фрагменты, которые были предварительно нанесены на него. ДНК-фрагменты разделяются на геле в зависимости от их размера, и полосы, соответствующие зонд-связанным ДНК-фрагментам, обнаруживаются путем окрашивания.

Саузерн блоттинг используется для определения генетических вариаций, таких как мутации, полиморфизмы и амплификации. Он также может использоваться для определения экспрессии генов в различных тканях и в ответ на различные стимулы.

Toisin kuin muut blottausmenetelmät (esim. Northern- ja Western-blottaus), Southern-blottauksella on korkea spesifisyys ja herkkyys, ja sitä voidaan käyttää pienten DNA-määrien analysointiin. Это делает его полезным инструментом для изучения генетики человека, медицинской генетики и других областей науки, связанных с изучением ДНК.