Антитіла до вірусів називають імуноглобуліни – IgM, IgG, IgA. ІгМ мають максимальний титр у перші дні захворювання (сироватка хворого починає показувати його наприкінці першого тижня захворювання), з'являються пізніше, ніж IgM і довше зберігаються у сироватці крові – до кількох місяців.
IgG з'являються на 2-3 тижні після початку захворювання, досягають максимальної концентрації другого місяця хвороби. З цього моменту концентрація IgM поступово падає, а IgG зростають. На початку другого тижня може мати місце тимчасове підвищення IgM на рівні IgA (їх показники вже ближчі до нормативних). Якщо імуноблот аналізу показав наявність IgМ, то можна з великою впевненістю стверджувати, що є гостра форма кліщового вірусного енцефаліту (її називають весняно-літньою або південноруською).
Якщо сироватка при ІФА аналізі не показує імуноглобули, це зовсім не говорить про те, що у людини немає антитіл. Основна проблема у слабко працюючих тест-системах. Справа в тому, що заразившись кліщовим енцефалітом, клітини імунної системи "поспішно" починають продукувати.