Virüslere karşı antikorlara immünoglobulinler denir - IgM, IgG, IgA. IgM, hastalığın ilk günlerinde maksimum titreye sahiptir (hastanın serumu, hastalığın ilk haftasının sonunda bunu göstermeye başlar), IgM'den daha geç ortaya çıkar ve kan serumunda birkaç aya kadar daha uzun süre kalır.
IgG, hastalığın başlangıcından 2-3 hafta sonra ortaya çıkar ve hastalığın ikinci ayında maksimum konsantrasyonuna ulaşır. Bu noktadan sonra IgM konsantrasyonu giderek azalır ve IgG artar. İkinci haftanın başında IgA seviyesinde IgM'de geçici bir artış olabilir (göstergeleri zaten normlara daha yakın). İmmünoblot analizi IgM'nin varlığını gösteriyorsa, o zaman büyük bir güvenle kene kaynaklı viral ensefalitin akut bir formunun olduğunu söyleyebiliriz (buna ilkbahar-yaz veya "Güney Rusya" denir).
ELISA analizi sırasında serumda immünglobüller görülmüyorsa bu, kişinin antikorlara sahip olmadığı anlamına gelmez. Asıl sorun zayıf test sistemleridir. Gerçek şu ki, kene kaynaklı ensefalit ile enfekte olduktan sonra, bağışıklık sistemi hücreleri "aceleyle" üretmeye başlar.