Przeciwciała przeciwko wirusom nazywane są immunoglobulinami - IgM, IgG, IgA. IgM osiągają maksymalne miano w pierwszych dniach choroby (surowica pacjenta zaczyna je wykazywać pod koniec pierwszego tygodnia choroby), pojawiają się później niż IgM i dłużej utrzymują się w surowicy krwi – nawet do kilku miesięcy.
IgG pojawia się 2-3 tygodnie od początku choroby i osiąga maksymalne stężenie w drugim miesiącu choroby. Od tego momentu stężenie IgM stopniowo maleje, a IgG wzrasta. Na początku drugiego tygodnia może nastąpić przejściowy wzrost IgM na poziomie IgA (ich wskaźniki są już bliższe normie). Jeśli analiza immunoblot wykaże obecność IgM, możemy z dużą pewnością stwierdzić, że istnieje ostra postać wirusowego zapalenia mózgu przenoszonego przez kleszcze (nazywa się to wiosenno-letnim lub „południoworosyjskim”).
Jeśli w badaniu ELISA surowica nie wykazuje immunoglobulin, nie oznacza to, że dana osoba nie ma przeciwciał. Głównym problemem są słabe systemy testowe. Faktem jest, że po zakażeniu kleszczowym zapaleniem mózgu komórki układu odpornościowego „w pośpiechu” zaczynają wytwarzać