Antistoffer mot virus kalles immunglobuliner - IgM, IgG, IgA. IgM har en maksimal titer i de første dagene av sykdommen (pasientens serum begynner å vise det ved slutten av den første uken av sykdommen), vises senere enn IgM og forblir lenger i blodserumet - opptil flere måneder.
IgG vises 2-3 uker etter sykdomsdebut og når sin maksimale konsentrasjon i den andre måneden av sykdommen. Fra dette tidspunktet avtar konsentrasjonen av IgM gradvis, og IgG øker. I begynnelsen av den andre uken kan det være en midlertidig økning i IgM på nivået av IgA (indikatorene deres er allerede nærmere normen). Hvis immunoblotanalyse viser tilstedeværelsen av IgM, kan vi med stor sikkerhet si at det er en akutt form for flåttbåren viral encefalitt (det kalles vår-sommer eller "sørrussisk").
Dersom serum ikke viser immunglobuler under ELISA-analyse, betyr ikke dette at personen ikke har antistoffer. Hovedproblemet er svake testsystemer. Faktum er at etter å ha blitt infisert med flått-encefalitt, begynner cellene i immunsystemet "hast" å produsere