Antistoffer mod vira kaldes immunglobuliner - IgM, IgG, IgA. IgM har en maksimal titer i de første dage af sygdommen (patientens serum begynder at vise det i slutningen af den første uge af sygdommen), vises senere end IgM og forbliver længere i blodserumet - op til flere måneder.
IgG vises 2-3 uger efter sygdommens opståen og når sin maksimale koncentration i den anden måned af sygdommen. Fra dette tidspunkt falder koncentrationen af IgM gradvist, og IgG stiger. I begyndelsen af den anden uge kan der være en midlertidig stigning i IgM på IgA-niveau (deres indikatorer er allerede tættere på normen). Hvis immunoblotanalyse viser tilstedeværelsen af IgM, så kan vi med stor sikkerhed sige, at der er en akut form for skovflåtbåren viral encephalitis (det kaldes forår-sommer eller "sydrussisk").
Hvis serum ikke viser immunglobuler under ELISA-analyse, betyder det ikke, at personen ikke har antistoffer. Hovedproblemet er svage testsystemer. Faktum er, at efter at være blevet inficeret med flåtbåren encephalitis, begynder cellerne i immunsystemet "hurtigt" at producere