Τα αντισώματα έναντι των ιών ονομάζονται ανοσοσφαιρίνες - IgM, IgG, IgA. Τα IgM έχουν μέγιστο τίτλο τις πρώτες ημέρες της νόσου (ο ορός του ασθενούς αρχίζει να το δείχνει στο τέλος της πρώτης εβδομάδας της νόσου), εμφανίζεται αργότερα από το IgM και παραμένει περισσότερο στον ορό του αίματος - έως και αρκετούς μήνες.
Η IgG εμφανίζεται 2-3 εβδομάδες μετά την έναρξη της νόσου και φτάνει στη μέγιστη συγκέντρωσή της τον δεύτερο μήνα της νόσου. Από αυτό το σημείο και μετά, η συγκέντρωση της IgM σταδιακά μειώνεται και η IgG αυξάνεται. Στην αρχή της δεύτερης εβδομάδας, μπορεί να υπάρξει προσωρινή αύξηση της IgM στο επίπεδο της IgA (οι δείκτες τους είναι ήδη πιο κοντά στον κανόνα). Εάν η ανάλυση ανοσοστυπώματος δείχνει την παρουσία IgM, τότε μπορούμε να πούμε με μεγάλη σιγουριά ότι υπάρχει μια οξεία μορφή ιογενούς εγκεφαλίτιδας που μεταδίδεται από κρότωνες (ονομάζεται άνοιξη-καλοκαίρι ή "Νότιο Ρωσικό").
Εάν ο ορός δεν εμφανίζει ανοσοσφαιρίδια κατά την ανάλυση ELISA, αυτό δεν σημαίνει ότι το άτομο δεν έχει αντισώματα. Το κύριο πρόβλημα είναι τα αδύναμα συστήματα δοκιμών. Το γεγονός είναι ότι, έχοντας μολυνθεί από εγκεφαλίτιδα που μεταδίδεται από κρότωνες, τα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος αρχίζουν να παράγουν «βιαστικά»