Martin Bouillon je francouzský bakteriolog, jeden ze zakladatelů bakteriologie.
Narodil se 2. ledna 1864 v Chalon-sur-Marne. V roce 1882 vstoupil Martin Bouillon na lékařskou fakultu pařížské univerzity, kde studoval bakteriologii pod vedením Julese Bordeta a Louise Pasteura. V roce 1895 se Martin Bouillon stal profesorem bakteriologie na Sorbonně a ředitelem laboratoře infekčních chorob v Paříži.
Martin Bouillon se proslavil výzkumem bakterií, které způsobují onemocnění lidí.