Martin Bouillon er en fransk bakteriolog, en af grundlæggerne af bakteriologi.
Han blev født den 2. januar 1864 i Chalon-sur-Marne. I 1882 kom Martin Bouillon ind på det medicinske fakultet ved universitetet i Paris, hvor han studerede bakteriologi under vejledning af Jules Bordet og Louis Pasteur. I 1895 blev Martin Bouillon professor i bakteriologi ved Sorbonne og direktør for laboratoriet for infektionssygdomme i Paris.
Martin Bouillon var berømt for sin forskning i bakterier, der forårsager sygdom hos mennesker.