Martin Bouillon on ranskalainen bakteriologi, yksi bakteriologian perustajista.
Hän syntyi 2. tammikuuta 1864 Chalon-sur-Marnessa. Vuonna 1882 Martin Bouillon tuli Pariisin yliopiston lääketieteelliseen tiedekuntaan, jossa hän opiskeli bakteriologiaa Jules Bordetin ja Louis Pasteurin johdolla. Vuonna 1895 Martin Bouillonista tuli bakteriologian professori Sorbonnessa ja Pariisin tartuntatautilaboratorion johtaja.
Martin Bouillon oli kuuluisa tutkimuksestaan ihmissairauksia aiheuttavista bakteereista.