Mikroaerofiili on bakteerityyppi, joka vaatii happea, mutta hyvin pieninä pitoisuuksina. Syynä tähän on se, että mikroaerofiileiltä puuttuu entsyymejä, joita tarvitaan suojaamaan happimyrkyllisyyttä vastaan.
Mikroaerofiilit voivat kasvaa 2-10 % happipitoisuuksilla, kun ilmakehän happipitoisuus on 21 %. Niiden kasvulle optimaalinen happipitoisuus on 5-6%.
Mikroaerofiileihin kuuluvat tietyntyyppiset bakteerit, erityisesti Campylobacter, Helicobacter pylori, tietyntyyppiset streptokokit ja meningokokit. Niillä on tärkeä rooli lääketieteessä, koska ne voivat aiheuttaa erilaisia sairauksia.
Mikroaerofiilit elävät usein paikoissa, joissa happipitoisuus on alhainen - ihmisten ja eläinten suolistossa, haavoissa, suuontelossa. Niiden kasvattamiseksi laboratoriossa luodaan erityisiä olosuhteita, joissa on alhainen happipitoisuus.