Les isoantigènes du système II sont associés à l'épithélium intestinal. Il s'agit d'un groupe complexe de glycoprotéines isopeptidiques avec deux déterminants antigéniques (A et B). Chaque isoantigène est constitué d'une protéine A et d'une protéine B. Les isoantigènes sont des antigènes synaptotropes. La molécule d'antigène est constituée de quatre polypeptides reliés par des liaisons disulfure. Certains fragments de protéines bactériennes peuvent se lier spécifiquement à ces glycoprotéines et provoquer une réaction allergique cutanée.