Ізоантигени системи II пов'язані з епітелієм кишечника. Вони є складною групою ізопептидних глікопротеїнів з двома антигенними детермінантами (A і B). Кожен ізоантиген складається з одного білка A та одного білка B. Ізоантигени є синаптотропними антигенами. Молекула антигену складається з чотирьох поліпептидів, з'єднаних між собою дисульфідними зв'язками. Деякі бактеріальні фрагменти білка можуть специфічно зв'язуватися з цими глікопротеїнами і викликати шкірну алергічну реакцію.