Изоантигены системы II связаны с эпителием кишечника. Они представляют собой сложную группу изопептидных гликопротеинов с двумя антигенными детерминантами (A и B). Каждый изоантиген состоит из одного белка A и одного белка B. Изоантигены представляют собой синаптотропные антигены. Молекула антигена состоит из четырех полипептидов, соединенных между собой дисульфидными связями. Некоторые бактериальные белковые фрагменты могут специфически связываться с этими гликопротеинами и вызывать кожную аллергическую реакцию.