Los isoantígenos del Sistema II están asociados con el epitelio intestinal. Son un grupo complejo de glicoproteínas isopeptídicas con dos determinantes antigénicos (A y B). Cada isoantígeno consta de una proteína A y una proteína B. Los isoantígenos son antígenos sinaptotrópicos. La molécula de antígeno consta de cuatro polipéptidos conectados por enlaces disulfuro. Algunos fragmentos de proteínas bacterianas pueden unirse específicamente a estas glicoproteínas y provocar una reacción alérgica en la piel.