Sistem II izoantigenləri bağırsaq epiteli ilə əlaqələndirilir. Onlar iki antigen determinantına (A və B) malik kompleks izopeptid qlikoproteinlər qrupudur. Hər bir izoantigen bir protein A və bir B proteinindən ibarətdir. İzoantigenlər sinaptotrop antigenlərdir. Antigen molekulu disulfid bağları ilə bağlanan dörd polipeptiddən ibarətdir. Bəzi bakterial protein fraqmentləri xüsusi olaraq bu qlikoproteinlərə bağlana bilər və allergik dəri reaksiyasına səbəb ola bilər.