Isoantigen sistem II berhubungan dengan epitel usus. Mereka adalah kelompok kompleks glikoprotein isopeptida dengan dua determinan antigenik (A dan B). Setiap isoantigen terdiri dari satu protein A dan satu protein B. Isoantigen merupakan antigen sinaptotropik. Molekul antigen terdiri dari empat polipeptida yang dihubungkan oleh ikatan disulfida. Beberapa fragmen protein bakteri secara spesifik dapat berikatan dengan glikoprotein ini dan menyebabkan reaksi alergi pada kulit.