Os isoantígenos do Sistema II estão associados ao epitélio intestinal. São um grupo complexo de glicoproteínas isopeptídicas com dois determinantes antigênicos (A e B). Cada isoantígeno consiste em uma proteína A e uma proteína B. Os isoantígenos são antígenos sinaptotrópicos. A molécula do antígeno consiste em quatro polipeptídeos conectados por ligações dissulfeto. Alguns fragmentos de proteínas bacterianas podem ligar-se especificamente a estas glicoproteínas e causar uma reação alérgica na pele.