Изоантигените от система II са свързани с чревния епител. Те са сложна група от изопептидни гликопротеини с две антигенни детерминанти (А и В). Всеки изоантиген се състои от един протеин А и един протеин В. Изоантигените са синаптотропни антигени. Молекулата на антигена се състои от четири полипептида, свързани с дисулфидни връзки. Някои бактериални протеинови фрагменти могат специфично да се свържат с тези гликопротеини и да причинят алергична кожна реакция.