Järjestelmän II isoantigeenit liittyvät suoliston epiteelin kanssa. Ne ovat monimutkainen ryhmä isopeptidiglykoproteiineja, joissa on kaksi antigeenideterminanttia (A ja B). Jokainen isoantigeeni koostuu yhdestä proteiinista A ja yhdestä proteiinista B. Isoantigeenit ovat synaptotrooppisia antigeenejä. Antigeenimolekyyli koostuu neljästä polypeptidistä, jotka on yhdistetty disulfidisidoksilla. Jotkut bakteeriproteiinifragmentit voivat sitoutua spesifisesti näihin glykoproteiineihin ja aiheuttaa allergisen ihoreaktion.