I riflessi autonomi (autonomi, trofici, tropinoini), così come quelli somatici, dipendono da fattori esterni (principalmente stimoli, sia esogeni che interni) e dallo stato del corpo, ma agiscono in misura maggiore su organi e tessuti senza la partecipazione di coscienza. Un esempio di tale riflesso è il vomito durante l'avvelenamento. A differenza dei riflessi somatici, quelli vegetativi possono essere classificati: incondizionati, attitudinali e condizionati. L'irritazione termina solitamente con la loro scomparsa (la cosiddetta perdita del riflesso). Un esempio di tali riflessi è la secrezione gastrica causata dal cibo. Ad esempio, quando vogliamo mangiare una caramella, la guardiamo, la vogliamo. In realtà, questa è una reazione autonoma e avviene in pochi millisecondi, cioè. quando mangiamo caramelle, le terminazioni nervose della lingua sono irritate e si verifica una risposta dalla secrezione dello stomaco, e poi dal fegato e dal pancreas: la produzione della bile. Ecco uno schema complesso per la sintesi della bile e la digestione