Autonome reflekser (autonome, trofiske, tropinoiner), så vel som somatiske, avhenger av eksterne faktorer (primært stimuli, både eksogene og interne) og kroppens tilstand, men virker i større grad på organer og vev uten deltakelse av bevissthet. Et eksempel på en slik refleks er oppkast under forgiftning. I motsetning til somatiske reflekser kan vegetative reflekser klassifiseres: ubetingede, holdningsmessige og betingede. Irritasjon ender vanligvis med at de forsvinner (det såkalte tapet av refleks). Et eksempel på slike reflekser er magesekresjon forårsaket av mat. For eksempel, når vi vil spise godteri, ser vi på det, vi vil ha det. Faktisk er dette en autonom reaksjon og den skjer på noen få millisekunder, dvs. når vi spiser godteri, irriteres nerveendene i tungen og det er en respons fra magesekresjonen, og deretter fra leveren og bukspyttkjertelen - produksjonen av galle. Her er et komplekst opplegg for syntese av galle og fordøyelse