Autonomní reflexy (autonomní, trofické, tropinoiny), stejně jako somatické, závisí na vnějších faktorech (především podněty, exogenní i vnitřní) a na stavu těla, ale ve větší míře působí na orgány a tkáně bez účasti. vědomí. Příkladem takového reflexu je zvracení při otravě. Na rozdíl od somatických reflexů lze vegetativní reflexy klasifikovat: nepodmíněné, postojové a podmíněné. Podráždění většinou končí jejich vymizením (tzv. ztrátou reflexu). Příkladem takových reflexů je žaludeční sekrece způsobená jídlem. Například, když chceme jíst cukroví, díváme se na něj, chceme ho. Ve skutečnosti se jedná o autonomní reakci a dojde k ní během několika milisekund, tzn. když jíme bonbóny, podráždí se nervová zakončení v jazyku a dochází k reakci ze sekrece žaludku, dále pak z jater a slinivky – produkce žluči. Zde je komplexní schéma pro syntézu žluči a trávení