Вегетативните рефлекси (автономни, трофични, тропиноинови), както и соматичните, зависят от външни фактори (предимно стимули, както външни, така и вътрешни) и от състоянието на тялото, но действат в по-голяма степен върху органите и тъканите без участието на на съзнанието . Пример за такъв рефлекс е повръщането по време на отравяне. За разлика от соматичните рефлекси, вегетативните могат да бъдат класифицирани: безусловни, нагласени и условни. Дразненето обикновено завършва с изчезването им (така наречената загуба на рефлекс). Пример за такива рефлекси е стомашната секреция, предизвикана от храната. Например, когато искаме да ядем бонбон, ние го гледаме, искаме го. Всъщност това е автономна реакция и се случва за няколко милисекунди, т.е. когато ядем бонбони, нервните окончания на езика се дразнят и има отговор от секрецията на стомаха, а след това от черния дроб и панкреаса - производството на жлъчка. Ето една сложна схема за синтеза на жлъчката и храносмилането