Autonome reflekser (autonome, trofiske, tropinoiner), såvel som somatiske, afhænger af eksterne faktorer (primært stimuli, både eksogene og interne) og af kroppens tilstand, men virker i højere grad på organer og væv uden deltagelse af bevidsthed. Et eksempel på en sådan refleks er opkastning under forgiftning. I modsætning til somatiske reflekser kan vegetative klassificeres: ubetingede, holdningsmæssige og betingede. Irritation ender normalt med deres forsvinden (det såkaldte tab af refleks). Et eksempel på sådanne reflekser er mavesekretion forårsaget af mad. For eksempel, når vi vil spise slik, ser vi på det, vi vil have det. Faktisk er dette en autonom reaktion, og den sker på få millisekunder, dvs. når vi spiser slik, irriteres nerveenderne i tungen, og der er respons fra mavesekretionen, og derefter fra leveren og bugspytkirtlen - produktionen af galde. Her er et komplekst skema for syntese af galde og fordøjelse