Autonoma reflexer (autonoma, trofiska, tropinoiner), såväl som somatiska, beror på yttre faktorer (främst stimuli, både exogena och interna) och på kroppens tillstånd, men verkar i större utsträckning på organ och vävnader utan medverkan av medvetandet. Ett exempel på en sådan reflex är kräkningar vid förgiftning. I motsats till somatiska reflexer kan vegetativa klassificeras: obetingade, attitydmässiga och betingade. Irritation slutar vanligtvis med att de försvinner (den så kallade förlusten av reflex). Ett exempel på sådana reflexer är magsekretion orsakad av mat. Till exempel när vi vill äta godis så tittar vi på det, vi vill ha det. I själva verket är detta en autonom reaktion och den inträffar på några millisekunder, d.v.s. när vi äter godis är nervändarna i tungan irriterade och det kommer ett svar från utsöndringen av magen, och sedan från levern och bukspottkörteln - produktionen av galla. Här är ett komplext schema för syntes av galla och matsmältning