Autonome Reflexe (autonome, trophische, Tropinoine) sowie somatische Reflexe hängen von äußeren Faktoren (hauptsächlich Reizen, sowohl exogenen als auch internen) und vom Zustand des Körpers ab, wirken sich jedoch in größerem Maße ohne Beteiligung auf Organe und Gewebe aus des Bewusstseins. Ein Beispiel für einen solchen Reflex ist das Erbrechen bei einer Vergiftung. Im Gegensatz zu somatischen Reflexen können vegetative Reflexe in unbedingte, einstellungsbedingte und konditionierte Reflexe eingeteilt werden. Die Reizung endet meist mit ihrem Verschwinden (dem sogenannten Reflexverlust). Ein Beispiel für solche Reflexe ist die durch Nahrung verursachte Magensekretion. Wenn wir zum Beispiel Süßigkeiten essen wollen, schauen wir sie an, wir wollen sie. Tatsächlich handelt es sich hierbei um eine autonome Reaktion, die innerhalb weniger Millisekunden, d. h. Wenn wir Süßigkeiten essen, werden die Nervenenden in der Zunge gereizt und es kommt zu einer Reaktion der Magensekretion und dann der Leber und der Bauchspeicheldrüse – der Produktion von Galle. Hier ist ein komplexes Schema für die Synthese von Galle und Verdauung