Τα αυτόνομα αντανακλαστικά (αυτόνομα, τροφικά, τροπινοΐνες), καθώς και τα σωματικά, εξαρτώνται από εξωτερικούς παράγοντες (κυρίως ερεθίσματα, εξωγενή και εσωτερικά) και από την κατάσταση του σώματος, αλλά δρουν σε μεγαλύτερο βαθμό σε όργανα και ιστούς χωρίς συμμετοχή της συνείδησης. Ένα παράδειγμα τέτοιου αντανακλαστικού είναι ο έμετος κατά τη διάρκεια της δηλητηρίασης. Σε αντίθεση με τα σωματικά αντανακλαστικά, τα φυτικά αντανακλαστικά μπορούν να ταξινομηθούν: άνευ όρων, στάσεων και εξαρτημένα. Ο ερεθισμός συνήθως τελειώνει με την εξαφάνισή τους (τη λεγόμενη απώλεια αντανακλαστικού). Ένα παράδειγμα τέτοιων αντανακλαστικών είναι η γαστρική έκκριση που προκαλείται από την τροφή. Για παράδειγμα, όταν θέλουμε να φάμε καραμέλα, το κοιτάμε, το θέλουμε. Στην πραγματικότητα, αυτή είναι μια αυτόνομη αντίδραση και συμβαίνει σε λίγα χιλιοστά του δευτερολέπτου, δηλ. όταν τρώμε καραμέλα, οι νευρικές απολήξεις στη γλώσσα ερεθίζονται και υπάρχει απόκριση από την έκκριση του στομάχου, και στη συνέχεια από το συκώτι και το πάγκρεας - την παραγωγή χολής. Εδώ είναι ένα πολύπλοκο σχήμα για τη σύνθεση της χολής και της πέψης