Endoderm (Yunanca "endon" - iç ve "dermis" - deri kelimelerinden), gastrulasyon işlemi sırasında oluşan üç mikrop katmanından biridir. Endoderm, birincil bağırsağın iç duvarını kaplar ve aynı zamanda sindirim sistemi ve bunun karaciğer, akciğerler ve pankreas gibi büyümelerine de yol açar.
Gastrulasyon sırasında embriyo üç ana katmana ayrılır: endoderm, mezoderm ve ektoderm. Endoderm, embriyonun iç kısmından oluşur ve daha sonra sindirim sistemi haline gelecek olan birincil bağırsağın iç duvarını kaplar. Endoderm ayrıca sindirim ve metabolizma ile ilişkili çeşitli organ ve dokulara da yol açar.
Karaciğer endodermden gelişen en önemli organlardan biridir. Yiyecekleri işlemek ve depolamak, safra üretmek ve toksinleri atmak gibi birçok işlevi yerine getirir. Akciğerler ayrıca endodermden oluşur ve gaz değişimine, yani oksijenin kana girmesine ve karbondioksitin uzaklaştırılmasına hizmet eder. Pankreas da endodermden oluşur ve gıdanın işlenmesi için gerekli olan insülin ve diğer hormonların üretilmesinden sorumludur.
Endoderm, embriyoda sindirim ve solunum sistemi organlarının gelişimini sağlayan önemli bir germ tabakasıdır. Gelişimi sayesinde insanlar ve diğer memeliler, vücudun hayati fonksiyonlarını sağlayan karmaşık bir sistem geliştirmişlerdir.