Çiftlik hayvanı mikrobiyolojisi, sürdürülebilir gıda üretiminin sağlanması ve hayvan sağlığının korunması açısından büyük önem taşımaktadır. Mikroorganizmalar dünyadaki tüm yaşamın birçok hayati fonksiyonunun anahtarıdır. Vücudumuzda yaşayan mikroflora, bağışıklık sisteminin düzgün çalışmasını, kolajen oluşumunu ve sindirim sürecini sağlar. Ancak mikroorganizmalar da zararlı olabilir.